我國行政訴訟法制，始於民國3年北京政府設立之平政院，當時平政院除受理行政訴訟之審判外，尚設有肅政史，負責糾彈官吏違法事件。民國17年全國統一，設立五院，糾彈事件歸監察院職掌。民國21年11月17日公布行政法院組織法及行政訴訟法，兩法同於民國22年6月23日施行。司法院亦於同年6月24日公布行政法院處務規程，同年9月1日行政法院正式成立，採一級一審制，事件經行政法院裁判即告確定，不得上訴或抗告。民國70年7月間，司法院鑑於當時行政訴訟法僅有34條，祇就若干重要原則予以規定，諸多程序則準用民事訴訟法之規定，為順應法治潮流，落實保障人民權益及促進公共利益之旨，著手研修行政訴訟制度，先後歷時11年始完成行政訴訟法及行政法院組織法修正草案。民國87年10月28日公布、89年7月1日施行之行政訴訟法條文增為308條，廢止再訴願制度，並增加訴訟類型，除原有之撤銷訴訟外，尚有確認訴訟及給付訴訟等，另擴充暫時權利保護之規定。民國88年2月3日修正公布、89年7月1日施行之行政法院組織法採二級二審制，目前依管轄區域設有臺北、臺中、高雄三所高等行政法院，掌理行政訴訟之初審及事實審，本院則由原行政法院改制為最高行政法院，掌理行政訴訟之法律審及終審審判，為我國行政訴訟制度之重大變革。
民國96年7月4日行政訴訟法再次修正，明定徵收裁判費、就審判權錯誤改採移送制、並修正訴訟代理及再審有關規定，於同年8月15日施行，開啟行政訴訟制度之新里程。
我國為保障智慧財產權，另於民國97年7月1日設立智慧財產法院，其層級相當於高等法院或高等行政法院，負責處理有關智慧財產訴訟事件。依智慧財產法院組織法第3條第3款及第4款之規定，智慧財產法院掌理第一審行政訴訟事件及強制執行事件，對於智慧財產法院上開裁判如有不服，可向本院提起上訴或抗告，乃有關智慧財產案件行政訴訟審判權之特別規定。
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