一、事務管轄

本院為全國行政訴訟之終審機關，依行政法院組織法第１２條及智慧財產案件審理法第３２條、行政訴訟法第２３５條之１之規定，管轄下列事件：
（一）不服高等行政法院裁判而上訴或抗告之事件。
（二）不服智慧財產及商業法院行政訴訟裁判而上訴或抗告之事件。
（三）高等行政法院受理上訴或抗告事件，認有確保裁判見解
統一必要，裁定移送最高行政法院裁判之事件。
（四）其他依法律規定由最高行政法院管轄之事件。
此外，為發揮法律審統一法律見解之功能，行政法院組織法規定本院設大法庭，於審判權之作用內，統一法律見解。

二、地域管轄

第一審行政法院依行政區劃所定之管轄如下圖，而本院之地域管轄則及於各該高等行政法院及智慧財產及商業法院之管轄區域。

地域管轄圖示
最高行政法院管轄：
1.臺北高等行政法院：臺北市、新北市、桃園市、新竹縣(市)、基隆市、宜蘭縣、花蓮縣、金門縣、連江縣
2.臺中高等行政法院：苗栗縣、臺中市、彰化縣、南投縣、雲林縣
3.高雄高等行政法院：嘉義縣(市)、臺南市、高雄市、屏東縣、臺東縣、澎湖縣
4.智慧財產及商業法院：管轄區域：全國