一、事務管轄

112年8月15日施行之行政訴訟堅實第一審新制，透過行政法院組織結構及審級分工調整，於高等行政法院分設「地方行政訴訟庭」與「高等行政訴訟庭」；而於訴訟法上，「地方行政訴訟庭」相當於「地方行政法院」審級；「高等行政訴訟庭」相當於「高等行政法院」審級(行政訴訟法第3條之1及立法理由參照)。

本院為全國行政訴訟之終審機關，依法管轄下列事件：
（一）不服高等行政法院所為第一審之裁判而上訴或抗告之事件。
（二）不服智慧財產及商業法院行政訴訟裁判而上訴或抗告之事件。
（三）高等行政法院受理上訴或抗告事件，認有確保裁判見解統一必要，裁定移送最高行政法院裁判之事  件。
（四）其他依法律規定由最高行政法院管轄之事件。
此外，為發揮法律審統一法律見解之功能，行政法院組織法規定本院設大法庭，於審判權之作用內，統一法律見解。

二、地域管轄

第一審高等行政法院依行政區劃所定之管轄如下圖，而本院之地域管轄則及於各該高等行政法院與智慧財產及商業法院之管轄區域。