一、收案與審查：

本院收受原審高等行政法院送交上訴或抗告之訴訟文卷後，依「先程序，後實體」之原則，先就事件之上訴或抗告合法要件為審究，責由審查科書記官先作初步的程序審查。如需補正者，即行發交原審法院或由本院審查庭之審判長裁定限期命為補正。

二、分案：

初步的程序審查結果，除經命補正而逾期仍未補正齊全，或不合法而不能補正者，以程序事件分案外，均送分案庭長用電腦隨機程式以實體事件分案。

三、審理：

本院為法律審，上訴事件僅得以原審裁判違背法令為理由提起之。以書面審理為原則，必要時得行言詞辯論。事件事實原則上以原審判決所確定者為裁判基礎，行言詞辯論所得闡明或補充訴訟關係之資料亦得斟酌之。

四、統一法律見解：

本院各審判庭認有統一法律見解必要時，得向大法庭提案，包括：歧異提案、原則重要性提案兩種類型。當事人亦得以書狀聲請受理事件之各審判庭行使歧異提案、原則重要性提案之職權。
大法庭裁判法律爭議，應行言詞辯論，並由當事人委任訴訟代理人進行，保障當事人參與大法庭程序之權利。
大法庭裁定對於提案庭提交之事件有拘束力，亦即提案庭就提交之事件，應以大法庭所採之法律見解為基礎，進行本案終局裁判。

五、評議：

本院之審判庭，以法官５人組成之，合議審判。評議時由審判長為主席，以過半數之意見決定之。

六、交付裁判原本：

經評議決定之裁判主文，由各庭書記科立即公告，並通知當事人。裁判正本一經製作完成，即送達當事人。

案件性質圖（資料期間：89年1月至101年9月）
一、訴訟程序分類：上訴占59%、再審占23%、抗告占15%、其他占3%

二、事件性質分類

本院受理之上訴事件，依其所適用之實體法分類，以稅捐事件所占比例最高，約占全部受理事件50％，其次為土地、考銓、關務、商標、保險、營業、建築、專利、勞工、環保事件。其餘12％部分，包括有：政府採購法、交通、衛生、教育事件等。